Einige Beispiele für Organismen innerhalb der Domäne Eubakterien sind Algen, E. coli und Salmonellen. Auch als echte Bakterien bekannt, sind dies mikroskopisch kleine, prokaryontische, einzellige Organismen ohne Kerne, die ihre Nahrung durch Photosynthese.
Obwohl einige Eubakterien für den Menschen schädlich sind und alle bekannten bakteriellen Krankheitserreger Eubakterien sind, können sie auch nützlich sein. Eubakterien werden bei der Herstellung von Wein, Käse und Joghurt verwendet und kommen auch in Kläranlagen zum Einsatz. Diese Organismen gibt es seit über 3 Milliarden Jahren und ermöglichten durch den bei der Photosynthese produzierten Sauerstoff luftatmenden Tieren das Überleben.