Ein aerotoleranter Anaerobier ist ein Organismus, der die Anwesenheit von Sauerstoff toleriert, diesen aber nicht zum Wachstum benötigt. Stattdessen nutzen aerotolerante Anaerobier die Fermentation, um zu überleben. Ein Beispielorganismus ist Lactobacillus, ein Bakterium, das im Darm des Menschen lebt und auch bei der Herstellung von Joghurt verwendet wird.
Der Fermentationsprozess beinhaltet die Umwandlung von Zucker in Säuren, Zucker und/oder Ethanol, um Energie zu bilden. Es gibt viele Fermentationswege, die verwendet werden, am häufigsten durch Milchsäure. Pilze wie Hefen neigen dazu, Ethanol-Fermentation zu verwenden. Dieser Prozess setzt weniger Energie frei als aerobe Methoden, da er auf der Regeneration von ATP aus ADP beruht.