Die Temperatur in einem Mündungsbiom variiert je nach Jahreszeit und Mündung. Zum Beispiel hat die Aln-Mündung in England einen durchschnittlichen Temperaturbereich von 13 bis 17 Grad Celsius oder 55 bis 63 Grad Fahrenheit. Die Temperatur einer Mündung korreliert oft mit der Gesundheit des Bioms.
Gelöster Sauerstoff ist in Flussmündungen lebenswichtig. Je höher die Temperatur eines Ästuars, desto weniger gelöster Sauerstoff steht im Ökosystem zur Verfügung. Eine Temperaturerhöhung von etwa 14 Grad Celsius kann beispielsweise die Menge an gelöstem Sauerstoff um etwas weniger als ein halbes mg pro Liter reduzieren. Verschiedene Pflanzen und Tiere können sich aufgrund ihrer angeborenen biologischen Mechanismen an die Bedingungen des Ästuars anpassen.
