Die Shine-Dalgarno-Sequenz ist eine spezifische, purinreiche Anordnung von Nukleotiden in prokaryontischer mRNA, die die RNA zur Translation an eine kleine ribosomale Untereinheit lenkt. Diese Sequenz ist für die ribosomale Bindung und Proteinsynthese in prokaryotischen Zellen erforderlich. Sie wird auch als Ribosomenbindungsstelle bezeichnet.
Die Shine-Dalgarno-Sequenz befindet sich stromaufwärts von der Stelle, an der die mRNA-Translation in Proteine stattfindet, in der 5'-untranslatierten Region oder 5'-UTR. Es gibt mehrere Anordnungen von Nukleotiden, die prokaryontische mRNA auf Ribosomen lenken können, damit die Translation stattfindet, und mehrere Shine-Dalgarno-Sequenzen wurden von Wissenschaftlern beschrieben. Typischerweise wird die Sequenz etwa acht bis 10 Codons stromaufwärts des AUG-Startcodons gesehen, das den Beginn der prokaryotischen mRNA-Translation signalisiert. Obwohl es mehrere Shine-Dalgarno-Sequenzen gibt, teilen sie alle eine Konsensussequenz von sechs Nukleotiden in einer bestimmten Reihenfolge: AGGAGG.
Die Einführung von Mutationen in die Shine-Dalgarno-Sequenz kann je nach Art der Mutation und ihrer Lage unterschiedliche Auswirkungen haben. Eine Mutation in der Sequenz kann die Translationsrate erhöhen, die Rate verringern oder keine Auswirkungen haben.
Die Shine-Dalgarno-Sequenz wurde erstmals von den australischen Wissenschaftlern John Shine und Lynn Dalgarno beschrieben. Die Sequenz wurde auch in Archaeen gesehen.
