Seepferdchen nehmen eine mittlere Position in ihrer Nahrungskette ein. Sie sind Fleischfresser, die sich von winzigen Krebstieren wie Garnelen ernähren. Die Garnelen ernähren sich von Algen, die in der Nähe der Basis der Nahrungskette stehen. Seepferdchen werden von Krabben und Fischen gejagt, die von größeren Fischen gefressen werden. Diese großen Fische werden von Spitzenprädatoren gejagt, einschließlich Haien, die an der Spitze der Nahrungskette stehen.
Seepferdchen verwenden ihre Greifschwänze, um sich an Pflanzen oder Korallen zu verankern. Da sie sesshaft sind und sich leicht tarnen können, können sie ihre Beute jederzeit überfallen. Wenn Garnelen und andere kleine Organismen an ihnen vorbeischwimmen, saugen Seepferdchen sie schnell mit ihren verlängerten Schnauzen auf. Sie ernähren sich kontinuierlich und können an einem Tag bis zu 3.000 Salzgarnelen fressen.
Seepferdchen sind langsame, eher ungeschickte Schwimmer, die schnell ermüden. Daher nutzen sie ihre natürliche Tarnung, um sich vor Raubtieren zu verstecken. Seepferdchen werden oft als Exemplare für Aquarien gefangen. Auch in Ostasien fischt der Mensch nach ihnen, weil die Ureinwohner Seepferdchen medizinische Eigenschaften zuschreiben. Das Übereinkommen über den internationalen Handel mit gefährdeten Arten freilebender Pflanzen und Tiere versucht, den Import und Export von Seepferdchen zu kontrollieren, obwohl sich mehrere Nationen gegen diese Vorschriften entschieden haben.
