Pilze sind heterotroph, was bedeutet, dass sie ihren Bedarf an Kohlenstoff und Energie decken, indem sie organisches Material abbauen und assimilieren. Pilze sind in der Lage, eine Vielzahl von Kohlenhydraten aufzunehmen und zu metabolisieren, darunter Glukose, Xylose und Fruktose. Schwierigere Kohlenhydrate sind ebenfalls leicht verdaulich, wie Zellulose und Hemizellulose.
Pilze verwenden Enzyme, um das Material, auf dem sie wachsen, abzubauen. Bei der Aufnahme des verdauten Materials muss die Nahrung in Form einer Lösung vorliegen, um in die Hyphenwände der Pilze eindringen zu können. Saprobische Pilze und Bakterien sind größtenteils für den Großteil der organischen Zersetzung verantwortlich. Im Allgemeinen benötigen Pilze Sauerstoff zum Überleben, können aber auch die Fermentation nutzen, wenn ihnen Sauerstoff fehlt.