Höhlen entstehen am häufigsten durch Erosion. Höhlen können auch durch Wellen, Lavaströme oder säureproduzierende Bakterien entstehen.
Die meisten Höhlen sind im sogenannten Karst entstanden, einem Gebiet aus Dolomit oder Kalkstein mit unterirdischen Bächen und Dolinen. Regenwasser, das sich noch in der Atmosphäre mit Kohlendioxid verbunden hat, fällt und sickert durch Risse. Mit Hilfe von mehr Kohlendioxid entsteht eine Säure, die schwach ist, aber mit der Zeit die Gesteine zerfressen kann. Nach Millionen von Jahren hohlt diese Säure Bereiche aus, die sich schließlich zu einer Höhle verbinden.
Höhlen, die sich entlang der Meeresküste bilden, werden Meereshöhlen genannt. Diese Höhlen entstehen durch die Wellen, die auf die Klippen treffen und im Laufe der Zeit das weiche Gestein erodieren.
Lavaröhren sind Höhlen, die entstehen, wenn ein Lavastrom an den äußeren Rändern schneller abkühlt als in der Mitte. Dies bildet eine Kruste um den Lavastrom, die aushärtet und eine Höhle bildet.
Bestimmte Bakterien ernähren sich von Ölvorkommen und produzieren ein Gas, das beim Mischen mit Sauerstoff eine starke Säure bildet. Diese Säure erodiert Gestein und schafft Höhlen, für deren Besuch spezielle Ausrüstung einschließlich Sauerstoffversorgung erforderlich ist.