Der Unterschied zwischen Anaphase 1 und Anaphase 2 besteht in der Trennung verschiedener Chromosomentypen. In der Anaphase 1 der Mitose trennen sich die homologen (gleichen) Chromosomen auf beiden Seiten der Zelle und die Zentromere ist ganz. In Anaphase 2 trennen sich die Schwesterchromatiden und das Zentromer wird gespalten, wodurch sich die Chromatiden trennen.
In der Anaphase 1 bewegen sich die homologen Chromosomen zu den entgegengesetzten Polen und die Schwesterchromatiden bleiben verbunden. Es gibt weitere Veränderungen: Die Kinetochor-Mikrotubuli (Spindeln) verkürzen sich, um die Chromosomen in Richtung der Pole zu ziehen. Dies bildet zwei haploide Sätze, was bedeutet, dass jeder Satz 23 Chromosomen oder insgesamt 46 hat, die Anzahl, die typischerweise beim Menschen gefunden wird. Jedes Chromosom hat zwei Chromatiden, die sich in Anaphase 2 getrennt bewegen.
In der Anaphase 2 werden die Zentromere in der Mitte gespalten, sodass sich Mikrotubuli an die Kinetochore anlagern können, was die Schwesterchromatiden auseinanderzieht. Die Zentromere sind der zentrale Teil der Schwesterchromatiden, die sie zusammenhalten, oft dargestellt durch einen Punkt oder einen Kreis. Wenn diese kaputt ist, trennen sich die beiden. Die Schwesterchromatiden werden jetzt Schwesterchromosomen genannt, da sie sich zu entgegengesetzten Polen bewegen und nicht mehr zusammen sind. Zu diesem Zeitpunkt ist die Zelle fast bereit, sich vollständig in Tochterzellen zu trennen, was am Ende der Meiose zu insgesamt vier Tochterzellen führt 2.
