Der Hauptunterschied zwischen AGP und PCI besteht darin, dass PCI- oder Peripheriekomponenten-Verbindungskarten nur auf den eingebauten Speicher der Karte zugreifen können, während AGP- oder beschleunigte Grafikkarten-Port-Karten der Reihe nach Zugriff auf den Systemspeicher haben um komplexe Operationen wie Textur-Mapping zu unterstützen. Ein AGP-Steckplatz ermöglicht einer Grafikkarte direkten Zugriff auf den Prozessor über einen dedizierten Bus, der ihm mehr Bandbreite als PCI zur Verfügung stellt.
AGP-Steckplätze verfügen außerdem über einen dedizierten Punkt-zu-Punkt-Kanal, der dem Grafikcontroller bei der Verarbeitung von Grafiken direkten Zugriff auf den Hauptsystemspeicher bietet. Durch diese Verbesserungen kann die AGP-Grafikkarte viel schneller arbeiten als eine PCI-Karte.
Ein weiterer Unterschied zwischen den beiden besteht darin, dass PCI ein Bus ist, während AGP ein Port ist, da er zwei Knoten verbindet. PCI und AGP unterscheiden sich auch in Bezug auf die Mindestanforderungen an Ausrichtung und Länge für Transaktionen. PCI-Transaktionen werden an 4-Byte-Grenzen ausgerichtet und müssen ein Vielfaches von 4 Byte sein, während AGP-Transaktionen an 8-Byte-Grenzen ausgerichtet sind und ein Vielfaches von 8 Byte sein müssen. PCI- und AGP-Steckplätze sind unterschiedlich groß. Dies bedeutet, dass PCI-Karten nicht in AGP-Steckplätze passen und umgekehrt. Jedes der Grafiksysteme hat seinen eigenen dedizierten Anschluss.
