Der pH-Wert im Dünndarm steigt von pH 6 im Zwölffingerdarm auf pH 7,4 am distalen Ende des Dünndarms im terminalen Ileum. Der pH-Wert sinkt im Blinddarm auf pH 5,7, steigt aber an auf pH 6,7 im Rektum.
Der sauerste Teil des menschlichen Magen-Darm-Trakts ist der Magen, der im Allgemeinen einen pH-Wert von 1 bis 3 hat. Der hohe Säuregehalt im Magen bekämpft Bakterien, die mit der Nahrung aufgenommen werden. Mit zunehmender Entfernung vom Magen steigt der pH-Wert allmählich an. Der Dickdarm hat einen pH-Wert von 5,5 bis pH 7.