Viele Tierarten fressen Honigbienen, darunter andere Insekten, Amphibien, Vögel und Säugetiere. Säugetiere töten mehr Bienen als andere Wirbeltiere, wobei Bären und Honigdachse zu den produktivsten Bienenkillern gehören. Mehrere Arten von Wespen und Spinnen sind auf die Jagd auf Bienen spezialisiert.
Direkte Prädation ist nicht die einzige Bedrohung für Honigbienen. Andere Arten verzehren ihre Larven, Honig und sogar das Bienenwachs ihrer Bienenstöcke. Wachsmottenlarven, Bienenstockkäfer und bestimmte Ameisenarten können im Bienenstock leben und sich ernähren. Einige Arten, wie der Große Honeyguide-Vogel und der Honigdachs, arbeiten tatsächlich zusammen, um Bienenstöcke zu finden und zu zerstören.
