Der Goldene Löwenäffchen wird aufgrund der drastischen Abholzung seines natürlichen Lebensraums von der Internationalen Union für die Erhaltung der Natur als gefährdete Art eingestuft. Aufgrund der schnell wachsenden Landwirtschaft, Holzeinschlag und Industrie ist es Schätzungen zufolge sind nur noch 8 Prozent der Küstenregenwälder Brasiliens erhalten. Davon sind nur 2 Prozent für die Art geeignet, um sie zu bewohnen, wobei ein Großteil davon in kleine Gebiete zersplittert ist.
Goldene Löwenäffchen leben in Gruppen von zwei bis acht Individuen unter dem Unterdach des Waldes, die als "Truppen" bekannt sind. Während jede Truppe in der Vergangenheit ein Territorium von 100 Hektar oder mehr verteidigte, hat sich die Größe dieses Gebietes im Laufe der Jahre stark verringert, da der Lebensraum der Art geschrumpft ist.
Ab 2014 leben noch etwa 1.500 bis 1.600 goldene Löwenäffchen in freier Wildbahn und weitere etwa 450 werden in Zoos weltweit gefunden. Die meisten wilden goldenen Löwenäffchen leben in einem Sumpfwaldreservat in der Nähe der brasilianischen Hauptstadt Rio de Janeiro.
Obwohl sich die Population noch nicht selbst erhalten hat, haben Schutzbemühungen im Rahmen des Golden Lion Tamarin Conservation Program die Wildpopulation von weniger als 200 Individuen auf eine größere Zahl erhöht. Bis zu 50 Prozent der in freier Wildbahn gefundenen Tiere sind freigelassene Tiere und deren Nachkommen.
