Es gibt viele Theorien über das Verschwinden der Anasazi, aber es gibt keine soliden Beweise für einen bestimmten Grund. Früher wurde vermutet, dass die Dürre im späten 13. Jahrhundert sie aus ihren langjährigen Häusern vertrieben hat , aber weitere Entdeckungen haben gezeigt, dass dies allein nicht ausgereicht hätte, um sie zu vertreiben.
Die Vorstellung, dass diese Leute vollständig verschwunden sind, ist ebenfalls eine falsche Bezeichnung. Die heutigen Pueblo-Indianer sind direkte Nachkommen dieser Menschenrasse, also sind sie nie wirklich verschwunden. Beweise zeigen, dass die Anasazi sich möglicherweise entschieden haben zu gehen, weil sie zu lange in der Gegend versunken waren und das Land bis an seine Grenzen ausgenutzt wurde.
