Das Phosphoratom in Phosphortrichlorid besitzt ein einsames Elektronenpaar, wodurch das Atom polar wird. Die drei an das Phosphoratom gebundenen Chloratome üben einen Zug auf die Elektronen des Moleküls aus, während die einzelnes Paar nicht.
Phosphortrichlorid hat eine pyramidale Struktur mit dem Phosphoratom in der Mitte. Chlor ist sehr elektronegativ und zieht Elektronen näher an sich heran. Das einsame Elektronenpaar zieht jedoch keine Elektronen zu sich; tatsächlich stößt es sie ab. Das Nettoergebnis ist eine Bewegung der Elektronendichte weg vom einsamen Paar, wodurch ein Zentrum positiver Ladung entsteht. Umgekehrt wird der Bereich zwischen den drei Chloratomen zu einem Zentrum negativer Ladung, wodurch das Atom polar wird.
