Es ist wichtig, eine Zentrifuge richtig auszuwuchten, da eine nicht ausgewuchtete Maschine den Rotor beschädigen, katastrophale Schäden an der Maschine selbst verursachen oder sogar im Raum arbeitendes Laborpersonal verletzen oder töten kann. Auswuchten einer Zentrifuge beinhaltet die Verteilung des Gewichts der Proben über den gesamten Rotor.
Bei einer geraden Anzahl von Proben kann die Zentrifuge ausgeglichen werden, indem die Gesamtzahl der Röhrchen halbiert und die beiden Sets direkt gegenüberliegend in den Rotor gestellt werden, um auf jeder Seite die gleiche Anzahl Röhrchen zu erhalten. Zum Beispiel wird eine Sammlung von acht Samples ausgeglichen, indem auf jeder Seite vier in einer Reihe platziert werden.
Bei einer ungeraden Anzahl von Proben kann ein Ausgleichsröhrchen mit Flüssigkeit im gleichen Volumen und derselben Dichte wie die Testproben verwendet werden, um eine gerade Anzahl von Röhrchen zu erstellen. Alternativ kann eine ungerade Anzahl von Röhrchen unter Verwendung eines algorithmischen Musters basierend auf der spezifischen Anzahl von Probenröhrchen und der Anzahl der verfügbaren Slots im Zentrifugenrotor angeordnet werden. In einem 12-Schlitz-Rotor zum Beispiel kann das Gleichgewicht erreicht werden, indem drei Probenröhrchen in einem dreieckigen Muster platziert werden, wobei zwischen jedem gefüllten Schlitz drei leere Schlitze bleiben.