Das Klonen führt aus mehreren Gründen zu Kontroversen, die im Allgemeinen als Sorge um die menschliche Sicherheit und Sorge über unsachgemäße oder unethische Behandlung von Tieren kategorisiert werden. Das Klonen zieht Widerstand von einigen auf sich, um biologische Prozesse zu verändern, um bestimmte Merkmale wie eine hellere Farbe, größere Größe oder weicheres Fell zu verbessern oder zu erzeugen. Einige argumentieren, dass diese Veränderungen im Widerspruch zu biologischen Normen stehen und ein Krankheitsrisiko für Menschen und andere Tiere darstellen, die den genetisch veränderten Organismen ausgesetzt sind.
Das Klonen zieht Kritik im Zusammenhang mit der Vermehrung von Tieren und Pflanzen auf sich und lädt zu noch mehr Kritik ein, wenn es auf den Menschen angewendet wird. Während einige Forscher und Wissenschaftler das Klonen für die Ausrottung bestimmter Krankheiten und die Erleichterung der Immunisierung loben, nennen andere die Krankheitsresistenz und die Entwicklung neuer Allergien als Kontrapunkt. Einige Forscher glauben zum Beispiel, dass das Trinken von Milch geklonter Tiere, die mit Nährstoffen und Antibiotika angereichert ist, die Ausbreitung von Krankheiten in verarmten Gebieten eindämmen könnte und sich als wirksamer und kostengünstiger als herkömmliche Impfungen erweisen könnte.
Andere, z. B. Tierschützer, warnen, dass diese Schritte experimentell sind und nicht auf jahrelangen wissenschaftlichen Studien beruhen, was Sicherheitsfragen aufwirft. Das Klonen wird von einigen Biologen kritisiert, da sie befürchten, dass die künstliche Genselektion und der Genersatz letztendlich einige Arten verändern und sie einem Risiko für Mutationen, Defekte und sogar das Aussterben aussetzen, da die genetische Variation mit der Zeit abnimmt.
