Negative Färbungen färben die Zellen nicht, da die Zellwand der Bakterien den Farbstoff abweist. Die für negative Färbungen verwendeten Farbstoffe sind sauer und dringen nicht in die negativ geladenen Zellwände ein. Aus diesem Grund wird nur der Hintergrund der Folie eingefärbt.
Der Hauptvorteil der Verwendung einer negativen Färbung gegenüber einer positiven Färbung besteht darin, dass negative Färbungen ohne Hitzefixierung der Probe durchgeführt werden können, wodurch die Probe so weit wie möglich ohne Verzerrungen konserviert werden kann. Durch dieses Verfahren bleiben Morphologie, Anordnung und Größe der Bakterien erhalten und können genauer bestimmt werden.
