Im Jahr 2000 ließ sich Anna Stanley von ihrem Ehemann Charles Stanley scheiden, der Senior Pastor der First Baptist Church im Norden von Atlanta, Georgia, und Gründer von In Touch Ministries war. Sie waren 44 Jahre lang verheiratet .
In ihrem Scheidungsantrag bezeichnete Anna ihre Ehe als "unwiederbringlich zerbrochen". Die Nachricht von ihrer problematischen Ehe wurde erstmals in den 1990er Jahren öffentlich und war umstritten, weil die First Baptist Church eine ungeschriebene Regel hatte, die es geschiedenen Männern untersagte, Pfarrer oder Diakone zu werden. Als sich das Paar trennte, schwor Charles, im Falle einer Scheidung als Pastor zurückzutreten. Nachdem die Scheidung jedoch rechtskräftig wurde, erlaubte die First Baptist Church Charles Stanley, weiterhin als ihr leitender Pastor zu dienen.
Das Paar teilt sich zwei Kinder. Ihr Sohn Andy Stanley ist Senior Pastor der North Point Community Church und Gründer von North Point Ministries.