Laut dem Merriam-Webster-Wörterbuch bedeutet "nicht pathogen", dass ein Organismus keine Krankheiten verursacht, also verursachen nicht-pathogene Bakterien keine Krankheiten. Einige Bakterien sind in ihrer Umgebung hilfreich.
Der menschliche Verdauungstrakt enthält beispielsweise Bakterien, die ihm helfen, richtig zu funktionieren. Diese Bakterien unterstützen nicht nur den Verdauungsprozess, sondern töten auch pathogene Bakterien ab. Bakterien werden bei der Herstellung bestimmter Milchprodukte wie Käse, Sauerrahm und Joghurt verwendet. In der Natur fungieren einige Bakterien als Zersetzer und bauen tote Organismen ab. Andere Arten von Bakterien verbrauchen Öl, und diese natürliche Tendenz ist bei Ölverschmutzungen oder -lecks am sichtbarsten.