Einige Protisten haben Zellwände, andere jedoch nicht. Zu Protisten mit Zellwänden gehören photosynthetische Kieselalgen, Rotalgen und Grünalgen sowie die pilzähnlichen Oomycota. Die meisten anderen Protisten, wie Braunalgen und tierähnliche Protisten, tun dies nicht.
Verschiedene Gruppen von Protisten haben Zellwände aus unterschiedlichen Materialien. Grünalgen und Oomycota haben Zellwände, die zumindest teilweise aus Zellulose bestehen, ähnlich denen um Pflanzenzellen. Rotalgen haben auch Zellulose in ihren Zellwänden, aber die Wände enthalten auch Kalziumkarbonat. Kieselalgen, der Hauptbestandteil von Kieselgur, haben Zellwände aus Kieselsäure.
