John Hagee ließ sich 1975 von seiner ersten Frau Martha Downing scheiden. John und Martha heirateten 1960 und das Paar hatte zwei Kinder, Christopher und Tish.
John Hagee war der Gründer und Senior Pastor der Trinity Church. Die Nachricht von seiner bevorstehenden Scheidung überraschte seine Gemeinde. Nach der Scheidung erhielt Martha das Sorgerecht für ihre beiden Kinder. 1975 gründete Hagee nach seiner Scheidung eine neue Kirche, die Cornerstone Church. Nach der Gründung der neuen Kirche heiratete Hagee Diana Castro und zusammen hatten sie drei Kinder: Christina, Mathew und Sandy. Hagee hatte 13 Enkelkinder.
Einige behaupten, Hagee habe eine außereheliche Affäre mit Diana Castro, die Mitglied seiner ehemaligen Kirchengemeinde gewesen war. Hagee hat angeblich einen Brief an seine Kirche geschrieben, in dem er seine Unmoral zugab.
