Sauerer Regen mit einem pH-Wert von 1,0 und darunter beeinflusst die Keimung der Samen, indem er den Keimungsprozess verzögert. Einige Samen sind widerstandsfähiger gegen die Wirkung von saurem Regen als andere.
Saurer Regen ist für Pflanzen in allen Wachstumsstadien schädlich. Die Keimrate, Keimgeschwindigkeit, Wurzellänge und viele andere Wachstumsmaßstäbe werden durch sauren Regen negativ beeinflusst. Saurer Regen erhöht die Menge an Giftstoffen im Boden und in der umgebenden Atmosphäre. Freies Blei, Aluminium, Kupfer und andere giftige Metalle sind im Boden mit saurem Regen häufiger anzutreffen. Saurer Regen senkt auch den pH-Wert des Bodens, was sich auf die Population von Mikroorganismen auswirkt, die organisches Material abbauen. Da dieser Prozess für die Freisetzung von Nährstoffen in den Boden notwendig ist, führt dies zu weniger Nährstoffen für das Pflanzenwachstum. Außerdem schädigt saurer Regen die schützende Wachsschicht der Blätter. Bei Beschädigung der Schutzschicht geht wertvolle Feuchtigkeit verloren. Säure ersetzt einen Teil des Wassers in der Pflanze und beeinträchtigt die Fähigkeit der Pflanze, effizient Photosynthese zu betreiben. Die Schäden an der wachsartigen Beschichtung der Blätter der Pflanze durch sauren Regen machen eine Pflanze auch anfälliger für kaltes Wetter.
