Während die Wasserverschmutzung viele Auswirkungen auf die Umwelt hat, sind ihre Auswirkungen am leichtesten in den Seen und Bächen sichtbar, in denen die Verschmutzung Fische und andere Wasserlebewesen tötet. Laut TEACH Great Lakes erklärten Biologen den Eriesee ein toter See in den 1960er Jahren, doch er war voller Leben. Das Problem war, dass es die falsche Lebensweise war, die aufgrund der Verschmutzung zu einer Störung des Sees führte.
Toxische Schwermetalle sind eine Art von Verschmutzung, die Seen und Flüsse betrifft. Schwermetalle stammen oft aus industriellen Prozessen wie den Stahlwerken, die einst viele der Großen Seen umgaben. Diese Materialien sind giftig für Fische und Schalentiere, haben jedoch das Potenzial, den Rest der Nahrungskette zu beeinträchtigen, einschließlich der Tiere, die an Land und im Wasser leben.
Bakterien und andere Schadstoffe aus Abwässern beeinträchtigen die Gesundheit der im Wasser lebenden Organismen sowie derer, die es trinken. Sauberes Trinkwasser ist für viele Tiere ein Thema.
Ohne Umweltverschmutzung enthalten große natürliche Seen nur wenige Nährstoffe für Pflanzen und ihre Temperaturen bleiben das ganze Jahr über kühl. Sie lösen langsam Mineralien aus dem Boden und verrottendem Pflanzenmaterial, das benötigt wird, um ein ausreichendes Pflanzenleben für die Nahrungskette zu unterstützen. Verschmutzung erhöht die Pflanzennährstoffe im Wasser, während Industrieabfälle seine Temperatur erhöhen. Wenn die falsche Art des Pflanzenwachstums zunimmt, nimmt die Sauerstoffversorgung ab. Während die Bedingungen für einige Arten verbessert werden, beeinträchtigt die Verschmutzung das natürliche Gleichgewicht und die Schönheit der Gewässer sowie die Umwelt.