Die häufigste Auswirkung der Wasserverschmutzung auf den Menschen sind Krankheiten. Trinkwasser, das mit krankheitsübertragenden Mikroorganismen, auch Krankheitserreger genannt, verunreinigt ist, verursacht verschiedene durch Wasser übertragene Krankheiten wie Typhus, Ruhr, Hepatitis und Cholera.
Chemische Schadstoffe, Industriemüllablagerungen und Giftmüll können beim Menschen langfristige Gesundheitsprobleme verursachen, insbesondere wenn sie Fische kontaminieren. Wasserorganismen wie Fische können versehentlich giftige Substanzen aufnehmen, wodurch die Giftstoffe in den menschlichen Körper gelangen.
Gesundheitszustände, die durch das Trinken von mit Chemikalien oder Giftmüll versetztem Wasser entstehen können, umfassen Organversagen, körperliche Missbildungen und sogar den Tod.
Das Vorhandensein von Escherichia coli-Bakterien, allgemein bekannt als E. coli, in einer Wasserquelle ist ein Hinweis auf das Vorhandensein von menschlichen oder tierischen Abfallstoffen im Wasser. Dieses Bakterium ist eine Art von fäkalen coliformen Bakterien, die im Darm von Menschen und Tieren vorkommen. Trinkwasser, das E. coli-Bakterien enthält, kann Durchfall, Bauchkrämpfe, Kopfschmerzen und Übelkeit verursachen. Kleine Kinder und ältere Menschen können anfälliger für die Nebenwirkungen von E. coli sein, da ihr Immunsystem empfindlich ist.
Verschmutztes Wasser ist auch ein Nährboden für Mücken. Mückenstiche können die menschliche Gesundheit beeinträchtigen und Krankheiten wie Malaria und Dengue verursachen.