Viele menschliche Aktivitäten verursachen Umweltverschmutzung, Zerstörung von Lebensräumen und Klimawandel, die alle Ökosysteme zerstören. Laut dem World Wildlife Fund hat sich der Einsatz von Pestiziden und Düngemitteln auf Farmen um das 26-Fache erhöht in den letzten 50 Jahren, die zunehmend Schäden an Bächen, Flüssen, Seen und den Weltmeeren verursacht hat. Düngemittel sind für viele Arten von Wasserlebewesen giftig und verändern die Chemie der lokalen Gewässer.
Eine weitere Möglichkeit, wie Menschen Ökosysteme schädigen können, ist die Einführung nicht einheimischer Arten. Die National Wildlife Federation schlägt vor, dass sich invasive Arten über den Heimtierhandel, auf Booten und zusammen mit importierten Zierpflanzen verbreiten. Diese invasiven Arten können einheimische Arten verdrängen und das Gleichgewicht des Ökosystems verändern. Invasive Arten nehmen eine Reihe von Formen an, von großen Fischen wie dem asiatischen Karpfen bis hin zu mikroskopisch kleinen Viren wie dem West-Nil-Virus.
Der unsachgemäße Umgang mit festen Abfällen kann eine Reihe von Problemen für aquatische Ökosysteme verursachen. Der World Wildlife Fund erklärt, dass sich im Ozean große Ansammlungen von Plastik bilden können, die schädliche Chemikalien in das Wasser freisetzen, Korallenriffe schädigen oder Tieren schaden können, die es versehentlich aufnehmen.
Luftverschmutzung schädigt auch natürliche Ökosysteme. Laut World Wildlife Fund ist saurer Regen, der durch die Freisetzung von Schwefeldioxid durch den Menschen in die Luft entsteht, auch schädlich für die natürlichen Lebensräume der Welt.
