Laut dem Museum of Paleontology der University of California gibt es vier Hauptklassifikationen von Pilzen: Chytride, Brotschimmel, Hefen und Säcke sowie Keulenpilze. Jede Klassifikation unterscheidet sich hauptsächlich durch die Methode der sexuellen Fortpflanzung, da alle Pilzabteilungen die Sporenvermehrung auf etwas andere Weise nutzen.
Die formalen Namen für diese Klassifikationen sind: Chytridiomycota (Chytride), Zygomycota (Brotschimmel), Ascomycota (Hefen) und Basidiomycota (Keulenpilze). Darüber hinaus gibt es zwei polyphyletische Gruppen, die von der wissenschaftlichen Gemeinschaft nicht anerkannt werden. Dies sind die Deuteromycota (asexuelle Pilze, die sich nicht sexuell vermehren) und Flechten (symbiotische Gemeinschaften von Pilzen und Algen). Zusammen bilden diese Gruppen alle formalen und informellen Klassifikationen für Pilze.
