Apfelsamen werden in freier Wildbahn durch Zoochorie verbreitet oder wenn sie von Tieren getragen werden. Tiere essen die Früchte und transportieren die Samen in ihrem Verdauungstrakt ab. Wenn der Samen in den Kot des Tieres gelangt, keimt der Samen und propagiert einen neuen Apfelbaum.
Kultivierte Apfelbäume werden durch Veredelung ungeschlechtlich vermehrt. Landwirte tun dies, um die Apfelsorten innerhalb eines Obstgartens konsistent zu halten. Da jeder Apfelsamen eine einzigartige DNA-Kombination enthält, produzieren keine zwei Samen desselben Baums oder sogar innerhalb desselben Apfels identische Bäume. Verschiedene Größen von Wurzelstöcken, die in einer Transplantation verwendet werden, produzieren verschiedene Größen von Apfelbäumen, die alle mit unterschiedlichen Geschwindigkeiten Früchte produzieren.
