Hauspferderassen haben 64 Chromosomen. Das Przewalski-Pferd, die einzige bekannte verbliebene Wildpferderasse, hat 66 Chromosomen. Trotz dieses Unterschieds sind beide Pferderassen in der Lage, sich zusammen zu paaren und fruchtbare Nachkommen zu produzieren.
Das genetische Material eines Pferdes wurde 2007 vom Horse Genome Project kartiert und umfasst 2,7 Milliarden DNA-Basenpaare in jedem Chromosom. Andere Tiere mit 64 Chromosomen sind die Chinchilla, der Fennek-Fuchs und das gefleckte Stinktier. Esel, die 62 Chromosomen haben, werden mit dem domestizierten Pferd gezüchtet, um Maultiere zu produzieren, die 63 Chromosomen haben. Aufgrund dieser ungeraden Zahl sind die meisten Maultiere unfruchtbar.
