Die Strukturformel für 3-Hexen lautet CH3-CH2-CH=CH-CH2-CH3. Ein 3-Hexen ist eines von vielen Konstitutionsisomeren von C6H12 und hat ein Molekulargewicht von 84,16 Gramm pro Mol.
Ein 3-Hexen ist eine Kette mit sechs Kohlenstoffatomen, die eine Doppelbindung zwischen dem dritten und vierten Kohlenstoffatom enthält. Die Doppelbindung kann entweder eine cis-Doppelbindung oder eine trans-Doppelbindung sein. Befinden sich beide gebundenen Kohlenstoffe auf der gleichen Seite der Doppelbindung, handelt es sich um eine cis-Doppelbindung und kann als (3Z)-3-Hexen geschrieben werden. Befinden sich die gebundenen Kohlenstoffe auf gegenüberliegenden Seiten der Doppelbindung, handelt es sich um eine trans-Doppelbindung und kann als (3E)-3-Hexen geschrieben werden.