Wenn ein weiblicher Kaiserfisch zur Fortpflanzung bereit ist, lassen sie und alle männlichen Panzerkameraden ihre Papille fallen. Die Papille ist eine röhrenförmige Struktur, die sich zwischen der Afterflosse und der Bauchflosse befindet. Die Papille einer Frau ist im Allgemeinen kleiner und hat eine stumpfere Spitze als die männliche Papille.
Eine andere Möglichkeit, das Geschlecht eines Kaiserfischs zu bestimmen, besteht darin, die allgemeine Körperform des Fisches zu vergleichen. Männliche Kaiserfische haben einen kantigeren Körper als der rundliche Körper eines Weibchens. Einige Männchen sind einzigartig für Weibchen, da sie laut KoiAngelfish.com eine Beule auf ihrem Kopf bilden, wenn sie ein Jahr alt sind.
Eine andere Möglichkeit, den Geschlechtsunterschied zu erkennen, besteht darin, sich die Rückenflossen des Kaiserfischs anzusehen. Die weiblichen Rückenflossen werden leicht nach hinten gehalten, im Einklang mit dem Stirnwinkel. Eine männliche Rückenflosse wird in einem fast 90-Grad-Winkel zur Kopfbeule vollständig aufrecht stehen. Der Blick auf die Bauchmuskeln eines Kaiserfischs ist auch eine gute Möglichkeit, das Geschlecht des Kaiserfischs zu bestimmen. Weibliche Kaiserfische halten ihre Bauchflossen näher am Körper, während die Bauchflossen eines Männchens aufrecht gehalten werden und einen deutlichen Winkel zum Körper bilden.