Eidechsen haben wie viele Wirbeltiere eine Lunge und ein Atmungssystem, das ihnen das Atmen ermöglicht. Sie unterscheiden sich von Säugetieren und Vögeln dadurch, dass sie keinen Zwerchfellmuskel haben und stattdessen atmen, indem sie ihre Körpermuskeln anspannen.
Da sie ihre Muskeln zum Atmen brauchen, halten Eidechsen bei intensiven Aktivitäten normalerweise den Atem an. Einige Echsen können diese Einschränkung umgehen, indem sie ihre Halsmuskeln verwenden, um während der Aktivität Luft in ihre Lungen zu ziehen.
Nicht alle Reptilien verwenden eine körpermuskelbasierte Atmung. Krokodile und Schildkröten haben unterschiedliche Atemmethoden entwickelt. Krokodile haben ein Zwerchfell, das es ihnen ermöglicht, Luft einzuatmen, während Schildkröten, deren Lungenausdehnung durch ihre Panzer begrenzt wird, eine dünne Muskelschicht haben, die auf ihren Lungen liegt und sich ausdehnt und zusammenzieht, um Luft einzubringen.