Aufgrund seiner Vielfalt an Terrains und Ökosystemen beherbergt Peru 500 Säugetierarten, darunter Pumas, Jaguare, Brillenbären, Gelbschwanz-Wollaffen, Lamas, Alpakas und Vikunjas. Außerdem für Säugetiere hat Peru 1800 Vogelarten und 300 Reptilienarten.
Von den 500 Säugetierarten in Peru sind 70 endemisch und fast 100 bedroht oder gefährdet. Zu den seltenen endemischen Arten gehören der Jaguar, der Brillenbär und der Gelbschwanz-Wollaffe.
Perus Regenwald ist Teil des Amazonas-Regenwaldes, in dem viele seltene Vogel-, Reptilien- und Säugetierarten leben, die sonst nirgendwo zu finden sind. An der Pazifikküste Perus haben sich viele Arten an das Leben in einem trockenen Wüstenklima angepasst. Die pazifischen Küstengewässer beherbergen ein riesiges Fisch- und Seevogelleben, einschließlich des Humboldt-Pinguins. Peru ist auch für seine Berge bekannt. Diese Berge unterstützen das Wachstum vieler Gräser und Pflanzen, die Lamas, Alpakas und Vikunjas als Nahrung dienen. Säugetiere, die in Peru leben, haben sich an das Leben in großen Höhen angepasst.
Im Jahr 2007 entdeckten Wissenschaftler in Peru eine neue Nebelwald-Nagetierart. Es ist eng mit der stacheligen Ratte verwandt. Seit 2014 entdecken Wissenschaftler weiterhin neue Arten in Perus vielfältigen Ökosystemen.