Pilze sind lebenswichtige Zersetzer im Ökosystem, die tote Organismen und biologischen Abfall abbauen, Nährstoffe für die Nutzung durch andere Organismen freisetzen und ihre Überreste beseitigen. Pilze agieren auch in Partnerschaft mit einigen Pflanzen und Algen, und sind oft lebenswichtig für diese Organismen. Einige Arten sind Parasiten.
Pilze erhalten alle Energie und Nahrung aus ihrer Umgebung und sind nicht in der Lage, wie Pflanzen Nahrung für sich selbst zu erzeugen. Pilze wachsen als Massen von fadenförmigen Strukturen, die als Hyphen bekannt sind. Diese haben eine für ihr Volumen sehr hohe Oberfläche und ermöglichen den Pilzen eine leichte Nährstoffaufnahme. Sie werden in der Regel tief im Boden und in verrottenden Organismen, wie zum Beispiel verrottendem Holz, vergraben. Parasitäre Pilze haben spezialisierte Hyphen für das Eindringen in lebende Organismen, normalerweise Pflanzen.
Pilze in gegenseitigen Beziehungen mit Algen werden Flechten genannt. Die Assoziationen zwischen den Pilzarten und den Algenarten sind oft so vollständig, dass jede Art als Ganzes einen Artnamen erhält, obwohl sie zwei verschiedene Organismen enthält. Aufgrund dieser Verbindung können Flechten überleben, wo kein anderer photosynthetischer Organismus dies kann, und sie sind eine lebenswichtige Nahrungsquelle in einigen sehr kalten Umgebungen. Andere Pilze wachsen in Verbindung mit Pflanzenwurzeln, wo sie im Austausch gegen Zucker und Aminosäuren lebenswichtige Nährstoffe liefern. Es wird geschätzt, dass 90 Prozent der Gefäßpflanzen Pilzarten in gegenseitigen Beziehungen mit ihnen haben.