J.J. Thomsons atomares Atommodell wurde Plum Pudding Atomic Model genannt und basierte auf der Idee, dass Elektronen negativ geladene Teilchen sind, die durch das positiv geladene Atom gestreut werden. Während Thomson Recht hatte mit der Existenz von Elektronen, lag er falsch darüber, wo sie sich innerhalb des Atoms befinden.
Thomson verglich die Art und Weise, wie die Elektronen durch das Atom gestreut werden, mit den Rosinen eines Plumpuddings. Diese Theorie legte nahe, dass die negativen und positiven Ladungen im Atom in derselben Existenzsphäre existierten, aber erst 1911 wurde der Ort des Kerns entdeckt, der diese Ladungen beherbergte. Der Mann, der den Kern entdeckte, Ernest Rutherford, war einst ein Schüler von Thomson und testete tatsächlich Thomsons Theorie, als er seine eigene Entdeckung machte: Elektronen werden nicht über das Atom gestreut, sondern umkreisen einen positiv geladenen Kern. Nachdem Rutherford 1911 entdeckt hatte, dass Partikel in Folie die H2+-Partikel ablenken konnten, wurde das Plumpudding-Modell für Rutherfords Modell beiseite gelegt. Thomson gab auch sein eigenes Modell auf, um Rutherfords Modell zu unterstützen.
Im Laufe seiner Karriere hatte Thomson aufgrund seiner Entdeckungen eine Reihe von herausragenden Positionen inne. Er wurde 1908 von der britischen Königsfamilie zum Ritter geschlagen und 1906 erhielt er den Nobelpreis. Obwohl Thomsons Plumpudding-Theorie widerlegt wurde, waren viele der Elemente seiner Entdeckungen wie Elektronen der Schlüssel zum Finden und Bauen des Modells, das derzeit verwendet.