Das menschliche Gehirn besteht aus mehreren Teilen, von denen jeder eine unterschiedliche Färbung hat. Die Oberfläche der Hirnrinde wird oft als graue Substanz bezeichnet, um sie von den Myelin-umhüllten Nerven darunter zu unterscheiden, die ein viel helleres Weiß.
Die Basalganglien der Neuronen enthalten ein spezielles Pigment namens Neuromelanin, das sie schwarz färbt. Diese Bereiche werden im Lateinischen Substantia nigra oder "schwarze Substanz" genannt. Das Gehirn ist auch stark vaskularisiert mit ausgeklügelten Netzwerken von Blutgefäßen, die jeden Teil davon versorgen. Das Blut in diesen Gefäßen verleiht den meisten Geweben des lebenden Gehirns einen rötlichen oder rosa Farbton.
