Der Alligator weist viele Anpassungen auf, einschließlich seiner getarnten Haut, Schwimmzehen, großem Schwanz und gut platzierten Augen und Nasenlöchern. Die muskulösen Kiefer und scharfen Zähne ermöglichen es dem Alligator, Beute zu greifen und Fleisch zu zerreißen .
Der Alligator ist mit seinem großen Schwanz und seinen mit Schwimmhäuten versehenen Zehen an das Leben im Wasser angepasst. Sein Schwanz ist flach und funktioniert ähnlich wie ein Ruder und treibt ihn schnell durch das Wasser. Teilweise Schwimmhäute helfen ihm, über schlammige Stellen zu laufen, ohne einzusinken. Mächtige Krallen haben viele Verwendungsmöglichkeiten, beispielsweise helfen sie dem Alligator beim Ausgraben von Nestern.
Der Alligator hat sowohl Augen als auch Nasenlöcher, die sich auf seinem Kopf befinden. Auf diese Weise kann der Alligator fast unter Wasser bleiben und trotzdem atmen. Außerdem verbirgt dies den Alligator vor der Sicht einer möglichen Beute. Sogar die über Wasser liegenden Teile des Reptils sind mit Noppen und Beulen bedeckt, die den Alligator wie ein harmloses Stück Vegetation aussehen lassen.
Wenn der Alligator vollständig untergetaucht ist, bedeckt eine Schutzmembran seine Augen, damit er unter Wasser sehen kann. Es kann auch seine Ohren schließen. Der Alligator hat eine spezielle Struktur, die sich über der Luftröhre schließt und die Lunge beim Tauchen wasserfrei hält.