Makroalgen sind große, photosynthetische Algen, die in Meerwasseraquarien wachsen. Sie dienen als Nahrungsquelle für pflanzenfressende Tiere, filtern Verunreinigungen aus dem Aquarium und verleihen dem Aquarium einen ästhetischen Wert.
Einige Arten von Makroalgen, die in Meerwasseraquarien vorkommen, sind Halimeda, Caulerpa sp. und Mädchenhaar. Jede Makroalgenart hat spezifische Wachstumsbedürfnisse, aber im Allgemeinen gedeihen alle Makroalgen bei guten Wasserbedingungen und hellem Licht gut. Algenfilter gelten als natürliche Ansätze zur Filterung des Aquariums. Filter bestehen aus einer oder mehreren Algenarten, die in einem Sumpf oder Refugium unterhalb des Hauptaquariums oder in einem Nebenrefugium gezüchtet werden.