Zu den negativen Aspekten des Klonens gehören Entwicklungskomplikationen, abnorme Gene und niedrige Erfolgsraten. Es besteht auch die Möglichkeit, dass ein menschlicher Klon sich nicht vollständig in familiäre und gesellschaftliche Rollen integrieren kann.
Das Klonen ist weitgehend erfolglos, da der Prozess des somatischen Zellkerntransfers problematisch ist. Die Gesamterfolgsrate für einen Nukleustransfer liegt zwischen 0,01 und 3 Prozent. Es gibt auch eine hohe Misserfolgsrate bei Schwangerschaften, die auf das Klonen zurückzuführen sind. Ein weiterer Risikofaktor ist, dass sich Eizelle und Zellkern nicht kohäsiv bilden, um den Klonprozess abzuschließen.
Geklonte Tiere sind in der Regel größer als ihre nicht geklonten Gegenstücke. Dies ist als Large Offspring Syndrome bekannt, und Tiere, die darunter leiden, sind anfällig für große Organe, was zu Atem- und Blutflusskomplikationen führt. Geklonte Tiere leiden auch an Immun-, Gehirn- und Nierenproblemen.
Es besteht auch die Wahrscheinlichkeit, dass Klone aufgrund eines bereits abgenutzten übertragenen Zellkerns schneller altern. Wissenschaftler befürchten, dass die Chromosomen beeinträchtigte Eigenschaften aufweisen, die zu einer verstärkten Alterung führen. Experten warnen vor den Entwicklungskomplikationen, die auch aus diesem Problem entstehen können.
Viele werfen auch Fragen zu den Missbildungen auf, die auch beim Klonen von Menschen auftreten können, und das Klonen von Menschen wirft bestimmte ethische Fragen auf. Gegner behaupten beispielsweise, dass menschliche Klone praktisch keine Selbstbestimmung hätten, weil von ihnen erwartet würde, dass sie sich wie ihr genetisches Original verhalten.
