Es gibt mehrere Raubtiere des Seepferdchens, darunter Krabben, Stachelrochen, Thunfisch und Pinguin. Seepferdchen haben keinen natürlichen Abwehrmechanismus und sie schwimmen nicht sehr gut – zwei Faktoren, die sie offen lassen räuberisch und zum Schutz auf ihre Umgebung angewiesen.
Die Größe des Seepferdchens trägt zu seinem Schutz bei, denn selbst das größte Seepferdchen misst nur 20 Zoll in der Höhe und das Seepferdchen kann seine Farbe je nach Umgebung ändern, sodass es sich heimlich vor Raubtieren verstecken kann. Dennoch ist es sehr anfällig, von anderen Lebewesen im Meer gefressen zu werden. Obwohl ein männliches Seepferdchen in Schwangerschaften, die 10 bis 25 Tage dauern, 1.500 Seepferdchen oder mehr gleichzeitig zur Welt bringen kann, überlebt nur 1 Prozent der Babys.