Zu den physischen Merkmalen von New York gehören Berge, Seen, Flüsse und Küstentiefland. Die große Vielfalt an Merkmalen bietet eine Vielzahl von Lebensräumen für einheimische Pflanzen und Tiere.
Der Mount Marcy ist mit einer Höhe von 5.344 Fuß der höchste Punkt in New York. Die Adirondack Mountains befinden sich im nördlichen Teil des Staates und die Umgebung bildet den größten Nationalpark der angrenzenden Vereinigten Staaten. Der unterste Teil des Staates umfasst die Gebiete, in denen New York im Südosten auf den Atlantik trifft.
Zu den wichtigsten Flüssen New Yorks gehören der Hudson River, der Mohawk River und der Genesee River. Lake Ontario, Lake Erie, Lake Champlain und Lake George bilden die Seen des Staates.