Die markantesten physischen Merkmale des Nahen Ostens sind seine riesigen Wüsten, aber die Region beherbergt auch Bergketten, Hochplateaus und sogar einige fruchtbare Flusstäler. Die Region ist die Heimat der tiefsten Punkt der Erde, das Tote Meer, das mehr als 1.400 Fuß unter dem Meeresspiegel liegt. Die Bergketten im östlichen Teil der Region steigen zu den hohen Gipfeln des Himalaya auf, mit Gipfeln über 15.000 Fuß Höhe.
Da ein Großteil der Region von heißen, trockenen Wüstenebenen dominiert wird, sind die Flüsse des Nahen Ostens wichtige Wasserquellen für Zivilisationen. Der Nil diente den alten Ägyptern als Lebensader, und sein regelmäßiger Überschwemmungs- und Rückzugszyklus führte zur Entwicklung riesiger Bauprojekte wie den Pyramiden. Tigris und Euphrat nährten die mesopotamische Zivilisation und sind immer noch wichtige Flüsse für die Menschen im heutigen Irak.
Hochplateaus und Bergketten sind ebenfalls wichtige Merkmale der Region. Das aufsteigende Land der Levante, an der östlichen Grenze des Mittelmeers, half dabei, den feuchten Meeresbrisen das Wasser auszupressen, um ein grünes und fruchtbares Land zu schaffen, das sich für die Besiedlung eignete. Das Taurusgebirge in der Türkei trennt die Region von Asien und isoliert die Zivilisationen, die in dieser Gegend entstanden sind.