Zu den wichtigsten Landschaftsformen in Honduras gehören das große innere Hochplateau aus Hügeln und Bergen, das pazifische Tiefland und das karibische Tiefland. Das Klima variiert von gemäßigt in den Bergen bis hin zu tropisch im Tiefland. Ein ausgedehntes Flusssystem durchzieht die Berge der Sierra Madre, und die Hügel im Landesinneren und weite, fruchtbare Täler befinden sich in dieser Region.
Das karibische Tiefland wird von Sandstränden gesäumt und erstreckt sich über die Nordküste. Diese Region umfasst die Mosquito Coast, ein unbewohntes Gebiet mit Dschungel, Lagunen und Mangrovensümpfen. Das pazifische Tiefland ist erheblich kleiner und umgibt den Golf von Fonesca, in dem sich einige ruhende Vulkaninseln befinden. Dieses Tieflandgebiet wird in Küstennähe sumpfig. Insgesamt ist Honduras ein wasserreiches Land, in dem Wasserkraft als eine seiner natürlichen Ressourcen gilt. Es gibt nur einen bedeutenden See namens Lake Yojoa, aber es gibt viele wichtige Flüsse.
Das bergige Landesinnere beherbergt den größten Teil der Bevölkerung von Honduras und macht 80 % der Gesamtfläche aus. Hier finden sich zahlreiche Täler mit flachem Boden, in den größeren Dörfern, Städten und die Landeshauptstadt Tegucigalpa. Das Land in dieser Region ist meist schwer zu durchqueren und aufgrund des zerklüfteten Geländes nicht gut für den Anbau geeignet. Auch die Bodenqualität ist schlecht. Eine bequeme und markante Senke verläuft durch das Hochland durch das Land und bietet eine relativ einfache Transportroute zwischen der Nord- und Südküste.
