Eine Reihe von Themen werden in "Stadt aus Glas" untersucht, darunter Homosexualität, Liebe, Christentum, Autoritätspersonen und andere religiöse Überzeugungen. Auch Vorurteile sind ein wichtiges Thema in dem Buch. "Schattenjäger" zum Beispiel sind gegenüber bestimmten Personengruppen misstrauisch, einschließlich Vampiren, die Sonnenlicht vertragen.
Liebe ist eines der wichtigsten Themen in "Stadt aus Glas". Die Geschichte konzentriert sich auf die Reise von Clary, um ihre Mutter zu retten. Für Clary ist es illegal, die Stadt zu betreten, in der ihre Mutter eingesperrt ist, daher ist dies eine gefährliche Reise, die erhebliche Opfer erfordert.
Es gibt auch eine Reihe von romantischen Beziehungen zwischen den Charakteren im gesamten Buch. Einer der Hauptvampire in dem Buch, Raphael, nutzt das Glaubenssystem des Christentums, um den Rest seiner Familie davon zu überzeugen, dass er kein Vampir ist. Indem er regelmäßig eine Kirche besucht und ein Kreuz trägt, gelingt es ihm, einer Entdeckung zu entgehen. In dem Buch werden auch andere Glaubenssysteme erwähnt, darunter der Davidstern und das Siegel Salomos.
Homosexualität ist ein Thema, das wichtig wird, wenn die Hauptfigur Clary sieht, wie eine weibliche Figur ein anderes Mädchen küsst. Zwei männliche Charaktere sind auch in eine homosexuelle Nebenhandlung im Buch verwickelt. Auch in "Stadt des Glases" ist Obszönität üblich.
