Einer der größten Nachteile der Wasserkraft ist die große Störung, die das Aufstauen eines Flusses für die umliegenden Menschen, Tiere und den Lebensraum verursacht. Ein weiteres Problem ist, dass Staudämme und Wasserkraftwerke viele Jahre dauern und unglaublich teuer sind, obwohl sie nach ihrer Fertigstellung nur minimale Kosten verursachen. Wasser muss in der Gegend reichlich vorhanden sein und die Wartungsstandards müssen streng sein.
Die Fähigkeit eines Wasserkraftwerks, Strom zu erzeugen, hängt vollständig vom Wasserfluss ab und erfordert daher einen Standort mit regelmäßigem Niederschlag. Wenn nicht jedes Jahr genug Regen fällt, um den Stausee kontinuierlich zu füllen, kann das Wasserkraftwerk nicht kontinuierlich Strom erzeugen.
Wenn ein Gebiet nach dem Bau eines Damms überflutet wird, sterben die Bäume und andere Pflanzen in diesem Gebiet schnell ab und beginnen sich zu zersetzen. Dabei werden Methan und Kohlendioxid in das Reservoir und schließlich in die Atmosphäre freigesetzt. Der Damm verursacht auch ein weiteres Problem, wenn das Wasser zusätzlichen Stickstoff aufnimmt, der durch ihn fließt, der für Fische giftig sein und zum Tod von Meerespopulationen führen kann.
Dämme stellen auch ein großes Risiko dar, wenn sie brechen oder zerstört werden, was eine massive Wasserwand aussenden und alles stromabwärts zerstören würde.
