Zu den Nachteilen der Hanging-Drop-Technik gehört die Möglichkeit, unter unzähligen unbeweglichen Zellen einige wenige bewegliche Zellen zu übersehen, und der Beobachtungsprozess kann zeitaufwändig sein. Die Hanging-Drop-Technik ist eine Methode zur Untersuchung lebender Mikroorganismen.
Es gibt weitere Nachteile bei der Verwendung der hängenden Tropfenmethode. Es ist keine sichere Methode, wenn man es mit extrem pathogenen Organismen zu tun hat, da sich der Mensch leicht infizieren kann. Das Einrichten der für die Hanging-Drop-Technik benötigten Apparatur erfordert Zeit, und die verwendeten Resonator-Objektträger sind teuer. Die Deckgläser, die ein Teil der Apparatur sind, sind ziemlich zerbrechlich und ihre Handhabung kann eine Herausforderung darstellen.
Eine weitere Methode zur Beobachtung winziger Organismen ist die Nassmontagetechnik. Der Unterschied zwischen beiden besteht darin, dass die Nassmontagetechnik schneller trocknet als die hängende Tropfenmethode. Da die Methode des hängenden Tropfens nicht so schnell austrocknet, ermöglicht sie eine längere Untersuchung des Mikroorganismus und eine zuverlässigere Beobachtung. Eine dritte Methode zum Testen der Motilität von Organismen ist der halbfeste Motilitätstest.
Die Technik des hängenden Tropfens wird auch bei der Proteinkristallisation verwendet, bei der es sich um die Bildung eines Proteinkristalls handelt.
