Der Verlust der Artenvielfalt in der Meeresumwelt wird auf viele Ursachen zurückgeführt, darunter menschliche Aktivitäten wie Jagd und kommerzielle Fischerei, die Zugabe von Toxinen und Chemikalien in die umliegenden Gewässer und der Verlust oder die Zerstörung von Küstenlebensräumen. Viele Faktoren tragen zum Verlust der marinen Biodiversität bei, aber menschliche Aktivitäten gehören zu den schlimmsten Tätern. Der kommerzielle Fischfang entfernt zum Beispiel Schlüsselorganismen aus der Umwelt, wodurch die Nahrungskette unterbrochen und andere Organismen ihrer traditionellen Nahrungsquellen beraubt werden.
Der Verlust der biologischen Vielfalt wird auf kurz- und langfristige Ereignisse zurückgeführt. Ölverschmutzungen, Stürme und Fischerei sind Beispiele für unmittelbare Bedrohungen für die Meeresumwelt. Gifte und Chemikalien, die sich in Bächen und Wasserstraßen ansammeln, und das Wachstum von städtischen Gebieten und Stadtzentren, die Feuchtgebiete und Küstenlebensräume durch künstliche Strukturen ersetzen, sind weitere Faktoren.
Viele Meeresbewohner verbringen ihr Leben damit, große Entfernungen zu durchstreifen, und vermehren sich mit Methoden der weiten Verbreitung, wie z. B. der Verbreitung von Eiern in starken Meeresströmungen. Ausbreitungswege können durch raue Umweltbedingungen und andere Faktoren unterbrochen werden, die letztendlich das Überleben von ausbreitungsabhängigen Arten gefährden. Auch die Verschmutzung durch Nährstoffe und Chemikalien ist eine Ursache für den Verlust der biologischen Vielfalt. Nur die widerstandsfähigsten Arten können sich an veränderte Bedingungen anpassen, die durch die Zugabe von Toxinen und Chemikalien in ihre Ökosysteme verursacht werden, wodurch die schwächsten und verletzlichsten Organismen ausgemerzt werden.