Lebensraumfragmentierung tritt auf, wenn ein Lebensraum verändert oder getrennt wird. Dadurch kommt es zu einer räumlichen Trennung in einem Habitat, die die Arten und Organismen innerhalb des Habitats umverteilt.
Die Fragmentierung von Lebensräumen kann natürlich oder durch den Menschen erfolgen. Natürlich können Gletscher, vulkanische Aktivität, plattentektonische Bewegungen, der Anstieg des Meeresspiegels und der Klimawandel dazu führen, dass Lebensräume fragmentiert und unzusammenhängend werden. Diese Vorkommnisse können dazu führen, dass sich kleine Habitate wie Mikroorganismenlebensräume drastisch verändern oder einen größeren Lebensraum wie eine große Landmasse beeinträchtigen. Der Mensch verursacht auch die Fragmentierung von Lebensräumen, indem er neue Gebäude baut, Landschaften verändert und Bäume abreißt oder pflanzt.