Ein Süßwasserökosystem ist eine Art aquatisches Ökosystem mit einer geringen Salzkonzentration. Es umfasst Seen, Teiche, Quellen, Flüsse, Bäche und Feuchtgebiete. Es kann in zwei Kategorien unterteilt werden: das Lentik- oder Stillwasser-Ökosystem und das iotische oder das Fließgewässer-Ökosystem.
Seen und Teiche gehören zum lentischen Ökosystem. Diese Gewässer können von wenigen Quadratmetern bis zu Hunderten und Tausenden von Quadratmeilen reichen. Der größte See, der Baikai-See in Zentralasien, macht etwa ein Fünftel des Süßwassers der Erde aus. Seen und Teiche weisen in der Regel eine geringe Artenvielfalt auf und sind von anderen Gewässern isoliert.
Bäche und Flüsse sind Fließgewässer, die in eine Richtung verlaufen. Das Wasser des iotischen Ökosystems stammt aus Quellen, geschmolzenem Schnee in den Bergen und sogar aus Seen. Das Wasser endet an ihrer Mündung und gelangt dann in einen anderen Flusskanal, einen See oder einen Ozean. Ein Ästuar, ein weiterer aquatischer Lebensraum, entsteht, wenn sich Süßwasser aus einer Flussumgebung mit salzhaltigem Wasser aus einem Meeresökosystem vermischt.
Ein Süßwasser-Feuchtgebiet ist eine Landschaft, die entweder saisonal oder dauerhaft mit Wasser gesättigt ist. Aufgrund des wasserreichen Bodens gedeihen in den Feuchtgebieten eine Vielzahl von Pflanzen und Tieren. Die vielfältige Tierwelt in den Feuchtgebieten ist an das Gedeihen in gesättigten Bodenverhältnissen angepasst. Einige Beispiele für Feuchtgebiete sind Sümpfe, Mangroven, Sümpfe, Sümpfe und Moore.