Flagellen und Zilien haben exakt die gleichen Strukturen und Funktionen, und die Namen geben lediglich an, wie viele auf einer bestimmten Zelle vorhanden sind. Diese Zellvorsprünge werden einzeln oder paarweise als Flagellen bezeichnet. Identische Zellvorsprünge werden als Zilien bezeichnet, wenn sie in Gruppen von drei oder mehr vorkommen.
Jedes einzelne Zilien oder Flagellum besteht aus einem Mikrotubuluskern, der sich von der Plasmamembran der Zelle aus erstreckt. Die Mikrotubuli sind in einem spezifischen Muster von neun Paaren angeordnet, die zwei Singulett-Mikrotubuli umgeben, um ein Gleiten zu ermöglichen. Die Gleitbewegung lässt das Flagellum oder das Zilien biegen und erleichtert die Bewegung.
Die Bewegung in Geißeln und Zilien beginnt an der Basis neben der Zelloberfläche und breitet sich entlang des Vorsprungs bis zum Ende in Wellen aus.
Flagellen werden auf Samenzellen und auf einigen Algen gefunden und werden verwendet, um die gesamte Zelle voranzutreiben. Zilien befinden sich eingebettet in die Schleimhaut der Atemwege, wo sie Schmutz und Keime, die in die Nase oder den Mund gelangen, und in den weiblichen Fortpflanzungsorganen wegfegen. Einige Protozoen sind mit Flimmerhärchen bedeckt und verwenden sie sowohl zur Fortbewegung als auch zum Einziehen von Nahrung. Die kleinsten Flimmerhärchen und Flagellen sind jeweils nur wenige Mikrometer lang, während die größten über 2 Millimeter lang sind. Flagellen wachsen normalerweise länger als Flimmerhärchen.
