Ein intermediärer Phänotyp beschreibt einen Organismus, der eine Mischung der phänotypischen Merkmale aufweist, die seine Eltern zum Ausdruck gebracht haben. Wenn eine rote Blume eine weiße Blume kreuzbestäubt und die resultierenden Nachkommen rosa sind, werden die Nachkommen beschrieben als Zwischenphänotyp. Intermediäre Phänotypen treten auf, wenn die untersuchten Merkmale weder dominant noch rezessiv sind.
Intermediate Phänotypen sind in der gesamten lebenden Welt weit verbreitet. Die meisten Menschen weisen in vielerlei Hinsicht einen Phänotyp auf, der zwischen den Eltern liegt. Organismen mit intermediären Phänotypen können jedoch auch dominante oder rezessive Merkmale aufweisen. Zum Beispiel können zwei menschliche Kinder gleichzeitig dominante oder rezessive Merkmale und solche eines intermediären Phänotyps aufweisen. Die Augenfarbe der Kinder ist weitgehend das Ergebnis dominanter und rezessiver Gene. Im Gegensatz dazu sind Größe, Gewicht, Haarfarbe, Intelligenz und viele andere Merkmale der Kinder im Allgemeinen Beispiele für mittlere Phänotypen.
Ein Organismus trägt die genetischen Anweisungen für seinen Bau in der DNA seiner Zellen. Dieser genetische Code wird Genotyp des Organismus genannt. Dieser Code weist die Zellen des Organismus an, eine Sammlung von Proteinen aufzubauen. Darüber hinaus sagt der genetische Code dem Körper des Organismus, wie er die Proteine anordnen soll. Die physikalische Struktur, die sich aus dem Genotyp des Organismus ergibt, wird als Phänotyp bezeichnet.